Die Arbeitsweise der ESK wird durch eine Satzung geregelt und durch eine beim Bundesamt für die Sicherheit der nuklearen Entsorgung (BASE) eingerichtete Geschäftsstelle unterstützt. Die ESK ist am 12. Juni 2008 beim Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV)  gebildet worden und hat am 30. Juni 2008 ihre konstituierende Sitzung durchgeführt.

Beratungsaufträge

Das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV) erteilt der Kommission Beratungsaufträge. Die Kommission kann auch von sich aus Beratungsthemen aufgreifen.

Das BMUV kann im Einvernehmen mit dem Vorsitzenden der Kommission einem Ausschuss oder einer Arbeitsgruppe der ESK Beratungsaufträge erteilen, wenn die Angelegenheit allein in das Fachgebiet dieses Ausschusses oder dieser Arbeitsgruppe fällt und ihre Bedeutung keine Beratung in der Kommission erfordert.

Beratungsverfahren

Die Kommission beschließt als Ergebnis ihrer Beratungen naturwissenschaftliche und technische Empfehlungen oder Stellungnahmen an das BMUV. Sie trifft keine rechtlichen oder politischen Bewertungen. Empfehlungen oder Stellungnahmen sind nachvollziehbar zu begründen. In der Begründung sind die Untersuchungsgegenstände genau zu bezeichnen, die Erkenntnismittel und Tatsachenfeststellungen auszuweisen und die aus ihnen abgeleiteten Schlussfolgerungen zu belegen.

Die Empfehlungen und Stellungnahmen der Kommission werden mit den Begründungen den Länderbehörden zur Kenntnis gegeben und auf der Homepage der Kommission veröffentlicht (ggf. mit einer Bewertung des BMUV). Das BMUV kann sie im Bundesanzeiger veröffentlichen.

Sitzungen

Die Sitzungen der ESK, ihrer Ausschüsse und Arbeitsgruppen sind nicht öffentlich. Vertreter des BMUV und der Geschäftsstelle nehmen an den Sitzungen teil. Vertreter der betroffenen Kreise wie z. B. Landesbehörden, Gutachter, Betreiber, Einwender können an der Beratung der sie betreffenden Themen teilnehmen; die Einzelheiten regelt die Satzung.