Die ESK berät das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit (BMU) in den Angelegenheiten der nuklearen Entsorgung, sie schlägt keine politischen Entscheidungen vor. Die Mitglieder der ESK sind ehrenamtlich tätig und nicht an Weisungen des BMU oder einer anderen Institution gebunden.

Die Mitglieder der ESK werden vom BMU berufen. Die ESK ist pluralistisch zusammengesetzt, d. h. ihre Mitglieder repräsentieren die große Bandbreite von Anschauungen im Bereich der nuklearen Entsorgung, um eine sachverständige und umfassende objektive Beratung des BMU zu gewährleisten. Bei den Beratungen werden unterschiedliche fachliche Meinungen von ESK-Mitgliedern respektiert.

Die ESK bekommt vom BMU Beratungsaufträge mit konkreten Fragestellungen, sie kann aber auch von sich aus Fragen aufgreifen. Als Ergebnis der vertraulichen Beratungen werden Stellungnahmen, Empfehlungen oder Leitlinien verabschiedet, die dem BMU vorgelegt und auf der Homepage der ESK veröffentlicht werden. Eine Verabschiedung kann nur mit der Mehrheit der berufenen Mitglieder erfolgen. Abweichende Meinungen können von den Mitgliedern den Stellungnahmen schriftlich beigefügt werden.

Ein ESK-Mitglied ist von der Beratung ausgeschlossen,
1. wenn es Beteiligter in einem Genehmigungs- oder Aufsichtsverfahren ist, das Gegenstand der ESK-Beratung ist, oder
2. wenn es gegen Entgelt bei einer Organisation unter 1. beschäftigt ist oder bei ihr Mitglied des Vorstandes, des Aufsichtsrates oder eines gleichartigen Organs ist (dies gilt nicht für die Beschäftigung bei einer Anstalt des öffentlichen Rechts), oder
3. wenn es in der Angelegenheit, die in der Kommission beraten werden soll, für den Antragsteller oder denjenigen, der einer Aufsichtsmaßnahme unterliegt, ein Gutachten abgegeben, diesen beraten oder für diesen sonst tätig geworden ist.

Die Kommission entscheidet bei Abwesenheit des betroffenen Mitglieds über dessen Ausschluss. Das ausgeschlossene Mitglied ist von der Beratung und Beschlussfassung ausgeschlossen, es darf jedoch in der Sitzung angehört werden.

Die ESK-Mitglieder bekommen als Entschädigung für ihre ehrenamtliche Tätigkeit keine Vergütung. Die Reisekosten werden nach Bundesreisekostengesetz erstattet und eine Sitzungsentschädigung von 30 € je Sitzung gezahlt. Für besondere Vorbereitungen von Beratungen wird auf Antrag ein Fachhonorar von 40,90 € je Stunde bezahlt. Die Kosten werden vom BMU getragen.

Die Beratungen werden nicht öffentlich abgehalten, um die Unabhängigkeit der Kommission zu gewährleisten. Damit sind die ESK-Mitglieder sowohl gegenüber den Medien als auch ihren Arbeitgebern geschützt. Die Mitglieder sind verpflichtet, die Vertraulichkeit der Beratungen zu wahren, die Kommission kann allerdings Dritten gegenüber Auskünfte erteilen.